ศาลเจ้าชิราโทริในลัทธิชินโตสร้างขึ้นมาตั้งแต่ก่อนยุคนารา (710-794) ในนาการะ หมู่บ้านเล็ก ๆ แห่งหนึ่งย่านชานเมืองเทนริ โดยคำว่าชิราโทริในภาษาญี่ปุ่นเขียนได้สองแบบ แต่คำที่อ่านว่าชิราโทริแบบดั้งเดิมดูจะสอดคล้องกับตำนานเรื่องนกสีขาว (ชิราโทริ) มากกว่า ตำนานเกี่ยวกับการตั้งศาลแห่งนี้พบอยู่ใน โคจิกิ (บันทึกอดีต) ที่รวบรวมขึ้นในปี 712
จากตำนานทำให้เราทราบว่ายามาโตะ ทาเครุผู้สูงส่ง (มีสถานะเป็นดั่งเทพเจ้าในลัทธิชินโตและบรรพบุรุษของจักรพรรดิญี่ปุ่น) ได้ใช้พลังอำนาจไปอย่างมากในการต่อสู้กับเหล่าปีศาจและสร้างความสงบสุข เมื่อเขาเสียชีวิตลงสร้างความเศร้าโศกแก่ผู้คนเป็นอย่างมาก เล่ากันว่าในพิธีศพ ยามาโตะ ทาเครุ ได้กลายเป็นนกสีขาว (อีกตำนานกล่าวว่าได้กลายเป็นนก 3 ตัว) บินออกจากร่าง วนอยู่เหนือร่างของเขาเอง 3 รอบแล้วบินขึ้นสู่ท้องฟ้า เชื้อพระวงศ์ในพระจักรพรรดิและผู้คนต่างติดตามนกตัวนั้นที่บินไปจนทั่วเขตยามาโตะ ในที่สุดก็มาร่อนลง หยุดอยู่ห่างจากหมู่บ้านนาการะไปทางใต้ราว 500 เมตร (ปัจจุบันคือ เมืองเทนริ) ณ ที่นี้เอง ราชวงศ์ได้ตั้งศาลเจ้าขึ้นด้วยความร่วมแรงร่วมใจของชาวบ้าน และเคารพบูชานกที่ออกจากร่างยามาโตะ ทาเครุนั้นเป็นเทพผู้ปกปักรักษาหมู่บ้าน
ศาลเจ้าแห่งนี้มีอยู่ใน Engishiki (927) ในส่วนรายชื่อศาลเจ้าของเขตอำเภอยามาโนเบะ และมียามาโตะ ทาเครุเป็นเทพเจ้าศักดิ์สิทธิ์ประจำศาล ศาลเจ้ามีพื้นที่ค่อนข้างมาก นอกจากห้องสวดมนต์หลักแล้ว ยังมีศาลเจ้าขนาดเล็กอื่น ๆ ด้วย เช่น ศาลเจ้าโอกูมา ศาลเจ้าซานชา ศาลเจ้าฮาชิมัน ศาลเจ้าอะตาโกะ ศาลเจ้าริวโอะ และศาลเจ้าอินาริ
มีการจัดเทศกาลประจำปีขึ้นทุกวันที่ 22 กันยายน เพื่อแสดงความเคารพสักการะต่อทั้งศาลเจ้าชิราโทริ ซึ่งได้ชื่อมาจากนกสีขาวที่สวยงาม และ ยามาโตะ ทาเครุ ซึ่งเป็นเทพประจำศาลเจ้า และมีเทศกาลในช่วงใบไม้ร่วงเพื่อเฉลิมฉลองฤดูกาลเก็บเกี่ยวประจำปีในวันที่ 22 ตุลาคมของทุกปี กลุ่มศาลเจ้าที่รวมกันเป็นศาลเจ้าชิราโทรินี้ มีความสำคัญทั้งในแง่รากเหง้าทางประวัติศาสตร์ของญี่ปุ่นแต่กาลก่อน และการเป็นศาลเจ้าที่คอยคุ้มครองผู้คนในหมู่บ้านด้วย